两年加班工资追溯时效指的是劳动者申请仲裁之日起向前追溯的两年时间。若出现《劳动争议调解仲裁法》第二十七条后款中规定的情形,劳动者自劳动关系终止之日刚好一年提出仲裁申请的,同样由于仲裁委仅能够要求用人单位提供其义务保存的期限为两年的相关资料,此时离该劳动者终止劳动关系之日已有一年,用人单位仅保存该劳动者一年时间的相关资料,所以加班工资争议的时效相应只存在追溯一年的依据了。