医疗事故赔偿和医疗损害责任在赔偿方面的差别，主要在于它们依据的法律基础牢固程度上。即，《医疗事故处理条例》规定公民生命、健康受损后国家应当给予的赔偿责任法律救济程度是否合法，与国家法律规定的差异问题。具体包括：
一、赔偿有无属于医疗事故的先决条件。
《医疗事故处理条例》自2002年一开始实施，其规定的“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”(第四十九条第二款)，就被法院否定掉。
因为它违反了《民法通则》等基本法，给受害患者获赔附加了医学会组织的“秘密合议”决断属于医疗事故的这种先决条件(第二十五条)。2010年7月开始实施的《侵权责任法》完全抛开“医疗事故”的提法和概念，抛开了《医疗事故处理条例》的这项规定。《医疗事故处理条例》第四十九条第二款不仅在司法中被抵制，而且其继续施行，是对国家法律的抵触和违反。
二、是否有死亡赔偿金
《医疗事故处理条例》规定，造成患者死亡的不用赔偿死亡赔偿金(第五十条规定的医疗事故赔偿项目和标准不包含死亡赔偿金)，与2004年5月开始实施的，最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》把死亡赔偿金作为和精神损害抚慰金并列的两项赔偿的规定完全相抵触。医疗事故的赔偿没有死亡赔偿金。
三、精神损失如何计算。
《医疗事故处理条例》规定的精神损害抚慰金按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，“造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年;造成患者残疾的，赔偿年限最长不超过3年”。与2004年5月开始实施的，最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的规定不一致。《人身损害赔偿司法解释》第十八条规定按照《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》予以确定精神损害抚慰金的数额，精神损害的赔偿数额根据以下因素确定：(一)侵权人的过错程度，法律另有规定的除外;(二)侵害的手段、场合、行为方式等具体情节;(三)侵权行为所造成的后果;(四)侵权人的获利情况;(五)侵权人承担责任的经济能力;(六)受诉法院所在地平均生活水平。《侵权责任法》对精神损害赔偿的数额确定没有新规定。医疗损害责任赔偿应按最高法院的司法解释确定。
四、残疾赔偿金如何计算。
医疗事故赔偿和医疗损害责任赔偿的残疾赔偿金(残疾生活补助费)计算年限和依据的数据不同。《医疗事故处理条例》对残疾赔偿的残疾生活补助费计算规定为“根据伤残等级，按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，自定残之月起最长赔偿30年;但是，60周岁以上的，不超过15年;70周岁以上的，不超过5年”。与2004年5月开始实施的，最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的规定不一致。《人身损害赔偿司法解释》第二十五条第一款规定：“残疾赔偿金根据受害人丧失劳动能力程度或者伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，自定残之日起按二十年计算。但六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年;七十五周岁以上的，按五年计算”。《侵权责任法》第十六条规定的残疾赔偿金没有具体规定计算方法，应按《人身损害赔偿司法解释》的规定执行。
五、赔偿是否需先“鉴定”因果关系。
医疗事故赔偿和医疗损害责任赔偿的先决条件和赔偿程度不同。《医疗事故处理条例》第二十条规定医疗事故“应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定”。《侵权责任法》规定的“违反法律、行政法规、规章以及其他有关诊疗规范的规定，推定医疗机构有过错”等情形，与“患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构及其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任”，只规定了一种责任方式(“赔偿责任”)，没有“因果关系”、“责任参与度”、“计算比率”的规定，没有鉴定的先决条件。
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