关于政策性搬迁企业所得税的政策，近年来国家税务总局陆续下发了很多文件，比较有代表性的文件包括：国税函[2009]118号、国家税务总局公告2012年第40号和最新下发的国家税务总局公告2013年第11号，比较几个文件，核心问题和最大变化主要集中在对企业搬迁购置新资产的所得税处理的规定上。
一、 国税函[2009]118号的相关规定
企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权（以下简称重置固定资产），或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。
该文件中明确规定企业搬迁过程中购买新的固定资产或土地使用权的支出可以搬迁收入中扣除。
二、 国家税务总局公告2012年第40号的相关规定
该公告全文废止了国税函[2009]118号文件，而最大的变化就是该公告明确规定，企业发生的购置资产支出，不得从搬迁收入中扣除。该文件还规定，企业在本办法生效前尚未完成搬迁的，符合本办法规定的搬迁事项，一律按本办法执行。本办法生效年度以前已经完成搬迁且已按原规定进行税务处理的，不再调整。就是说国家税务总局公告2012年第40号执行之日（2012.10.1），如果企业尚未完成搬迁也没进行税务处理，就必须按新文件执行。
三、 家税务总局公告2013年第11号文件的最新规定
40号公告发布后，一些地方税务机关和企业反映，由于40号公告中规定，对企业用搬迁补偿收入购置新资产，不得从搬迁补偿收入中扣除，对政府主导的政策性搬迁，原本搬迁补偿就很拮据，如果购置资产不允许扣除，这将导致企业资金紧张，影响企业搬迁进度。尤其对那些在40号公告前就已经和政府签订了搬迁协议的企业，因为有5年的搬迁期限而未完成最终的搬迁工作，也没有最终进行税务处理的企业就更不公平，因此，希望对40号公告前已经确定的政策性搬迁项目，仍然允许扣除购置资产后，再计算搬迁收益。
鉴于此，2013年第11号公告做了一个过渡性规定，即企业政策性搬迁项目凡在国家税务总局2012年第40号公告生效前已经签订搬迁协议的，企业重建或恢复生产过程中按规定购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置的各类资产，应剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基数，并按规定计算折旧或费用摊销。此后签订搬迁协议应按国家税务总局2012年第40号公告有关规定执行。
这一规定对40号公告之前就签订搬迁协议的企业应该是个利好消息，但仍然不如国税函[2009]118号文件优惠，因为虽然搬迁收入可以扣除购入资产的价值，但购置的各类资产，只能按剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基数，所以，实质上对所得税的影响只是个暂时性差异。
