在我国现实的情况下，行政案件较少，行政人员调动频繁，加之错案追究制度的制约，使一些行政法官不敢大胆行使司法变更权，使司法变更权形同虚设。目前，法院不行使司法变更权将会带来以下问题：
1、将会在实质上限制公民的诉讼权利。在客观上缩小行政诉讼的范围。以治安行政案件为例：被处罚人和被侵害人对治安处罚不服均可以向人民法院提起行政诉讼，被处罚人一般诉请有：要求法院撤销处罚决定；要求法院减轻处罚；要求法院减少赔偿金额。被侵害人的一般诉请则是：要求法院追究加害人的行政责任；要求法院加重加害人的处罚；要求法院增加赔偿金额。如果人民法院不行使司法变更权，法官在处理行政案件中就只能判决六项中的两项，即当事人要求撤销处罚决定的申请和要求撤销赔偿裁决的申请。这不仅在实质上缩小了司法监督的范围，而且也限制了公民的诉讼权利。如果法官敢于大胆行使司法变更权，直接判决变更行政机关的处罚决定，既可以充分的保护当事人的合法权益，也不会造成诉累。
2、有一部分行政诉讼会徒有虚名。当事人起诉到人民法院的行政案件，有些行政案件，当事人要求减轻处罚或减少赔偿金额，但案件受理后行政机关的处罚决定绝少“违法”的。因为法律或法规所确定的处罚幅度较宽。这样，即使行政处罚决定显失公平，法院撤销也于法无据，只能维持了事。如果法官敢于大胆行使司法变更权，则可以拓展行政案件的受案范围。
3、降低行政机关的工作效率。行政机关处罚决定，有的处罚方式明显不适当；有的适用法律不当；有的忽视从轻、从重情节；有的处罚时轻时重等等。人民法院在审理行政案件过程中，已掌握了该行政案件的基本事实，以及所依据的法律、法规等，具备了改变错误的行政裁决的条件。如果法院直接变更行政机关的行政决定，行政争议即可得到及时解决。相反，如果法院撤销行政机关的行政决定，发回行政机关，可以出现解决同一行政案件人为的分成数次解决，反复多次，增加当事人诉讼成本。
4、会使公民的合法权益得不到保障。用撤销重新作出具体行政行为的方式来纠正行政机关的错误裁决是建立在两个假定的基础上。一是法院能够在没有任何干扰的情况下作出撤销决定。二是行政机关能依照法院判决及时重新作出裁决。实践证明，法院要撤销一个行政决定，会遇到很多阻力和干预。有时法院只作撤销行政机关的行政决定的判决，而没有判决行政机关限期作出具体行政行为，会使下一个行政决定，一拖再拖，甚至不了了之。
