1.实施侵权行为的主体不同。
在行政赔偿中，实施侵权行为的主体是国家行政机关及其工作人员，包括法律法规授权的组织及其工作人员，受委托的组织及其公务人员以及事实上的公务员。在司法赔偿中，实施侵权行为的主体是履行司法职能的国家机关及其工作人员，包括公安机关、国家安全机关以及军队的保卫部门，国家检察机关，国家审判机关，监狱管理机关及在上述机关的工作人员。
2.实施侵权行为的时间不同。
行政侵权行为发生在行政管理过程中，是行政机关及其工作人员在行使职权过程中实施的，而司法侵权行为发生在司法活动中，以司法机关及其工作人员在刑事诉讼中违法行使侦查权、检察权、审判权、监狱管理权以及在民事、行政审判中人民法院采取强制措施、保全措施以及执行措施为构成要件。
3.追偿的条件不同。
无论是行政赔偿中还是在司法赔偿中都实行追偿制度，赔偿义务机关在履行了赔偿义务后，可以责令有关责任人员承担部分或全部赔偿费用。但是，国家赔偿法对两者的追偿条件分别作了不同的规定。行政追偿的条件是行政机关及其工作人员在行使职权过程中有故意或者重大过失，这种标准具有明显的主观性。司法追偿的条件是司法机关工作人员实施刑讯逼供、殴打和以其他暴力方式伤害公民的工作人员、违法使用武器和警械伤害他人的工作人员和在审理案件中有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为的工作人员。相比较之下，司法追偿的范围要比行政追偿的范围窄。国家赔偿法划分这种区别，主要是因为司法机关及其工作人员面临的情况比较复杂，法律规定了较大的裁量权，认定司法工作人员主观上是否存在故意或重大过失比较困难，而且追偿的范围不能过宽，否则很容易挫伤司法人员的积极性。
