我国的外商投资企业法律包括中外合资经营企业法、中外合作经营企业法、外商独资企业法以及实施细则和其他相关行政法规、部门规章，1979年开始陆续颁布。当时，我国的企业法律是按照企业的所有制性质分类的，主要包括《全民所有制工业企业法》、《城镇集体所有制企业条例》、《乡村集体所有制企业条例》、《私营企业条例》、《个体工商户条例》等。在此背景下，外商投资企业显然无法融入原有的企业类型，颁布单独的外商投资企业法律有其合理性。以1994年《公司法》和随后的《合伙法》、《个人独资企业法》的颁布为标志，我国的企业法制开始按照现代企业制度的要求来构建。随后，两种企业法律制度之间的法律冲突不断。虽然《公司法》规定，外商投资企业要适用《公司法》的规定，外商投资企业法有特别规定的，适用外商投资企业法，但这一规定并没有弥合冲突。
首先，在注册资本的相关规定中存在法律冲突。《公司法》和外商投资企业法管辖下的公司都是有限责任公司或股份有限公司，但两者注册资本的内涵却完全不同。在注册资本的缴付时间方面，按照1994年《公司法》，不论是有限责任公司还是股份有限责任公司，也不论股份有限公司是发起设立还是募集设立，注册资本必须是实缴资本。而按照《中外合资经营企业各方出资的若干规定》，首期出资不能少于注册资本的15%，并在营业执照签发后3个月内缴付，其余可以按照合同约定出资。其注册资本显然是认缴资本。2006年《公司法》修改了注册资本的交付时间，允许有限责任公司和发起设立的股份有限公司可以分期缴纳注册资本，其中20%在公司设立前缴纳，其余的在公司设立后2年或5年内缴纳;募集设立的股份有限公司应当在公司设立前缴纳全部注册资本。但这和外商投资企业注册资本的缴付时间仍然不同。根据2006年国家工商行政管理总局、商务部、海关总署、国家外汇管理局《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》，外商投资的有限责任公司(含一人有限公司)一次性缴付全部出资的，应当在公司成立之日起六个月内缴足;分期缴付的，首次出资额不得低于其认缴出资额的百分之十五，也不得低于法定的注册资本最低限额，并应当在公司成立之日起三个月内缴足，其余部分的出资时间应符合《公司法》、有关外商投资的法律和《公司登记管理条例》的规定。在注册资本的最低要求方面，2006年《公司法》规定有限责任公司的最低注册资本要求是3万元人民币，一人有限公司的最低注册资本要求是10万元人民币;而外商投资企业中的有限责任公司没有最低资本的要求，即使是外商独资企业，尽管其可能类似于法人或自然人设立的一人公司，也没有注册资本的最低要求，具有明显的超国民待遇。对于股份有限公司，2006年《公司法》规定的注册资本的最低限额为500万元，但《关于设立外商投资股份有限公司若干问题的暂行规定》规定，外商投资股份有限公司的注册资本的最低限额为3000万元，存在明显的次国民待遇。如果因此产生国际讼争，我国政府将处于十分被动的地位。
其次，中外合作企业中经营各方权利和义务失衡。我国的中外合作经营企业大多采用有限责任公司形式。根据《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》，任何形式的中外合作经营企业都是有限责任公司。在这类有限责任公司中，按照《中外合作企业经营法实施细则》的规定，合作各方可以约定向合作企业投资或者提供合作条件，而合作条件可以是货币、实物、工业产权、专有技术、土地使用权等。根据《实施细则》的规定，合作各方缴纳投资或者提供合作条件后，应当由中国注册会计师验证并出具验资报告，由合作企业据以发给合作各方出资证明书。这就产生一个疑问，经过验资程序的投资和合作条件是否都是注册资本的组成部分，如果合作条件也是注册资本的组成部分，那么其和投资又有什么区别呢?创设这样一个法律概念的必要性何在呢?而根据《实施细则》规定，合作企业的注册资本是指合作各方认缴的出资额之和，合作条件显然不是注册资本的组成部分。中外合作经营的大量案例表明，在实践中，外方的现金出资通常作为合作企业的注册资本，而作为中方合作条件的实物、工业产权、土地使用权和专有技术则不作为注册资本。这样就可能导致中外合作企业合营各方权利义务的严重失衡。这些不作注册资本的合作条件能否成为合作企业的财产呢?对作为合作条件的财产，是否可以成为合作企业债权人实现债权的标的呢?如果答案是否定的，那么，实际上只有提供现金出资的外方投资者对公司债务承担了有限责任，提供实物等作为合作条件的投资者却没有对公司的债务承担有限责任。在有限责任公司中存在对公司债务不负有限责任的股东，这和作为公司法律制度基石的有限责任制度相悖[1]，也有违起码的公平和正义。实践中，这种现象也确实引起了境外和国外投资者的强烈不满。
另外，中外合作经营企业的中外合作者提前收回投资的规定有违法理。《中外合作经营企业法》规定，如果合作合同约定合作期满时合作企业的全部固定资产归中国合作者所有的，经批准可以在合作合同中约定外国合作者在合作期限内先行回收投资的办法。外国合作者在合作期限内先行回收投资的，中外合作者要对合作企业的债务承担责任。而根据《中外合作经营企业法实施细则》的规定，外国合作者在合作期限内先行回收其投资的方法可以有三种：(1)扩大外国合作者的收益分配比例;(2)外国合作者在合作企业缴纳所得税前回收投资;(3)经财政税务机关和审查批准机关批准的其他回收投资方式。根据原外经贸部《关于执行〈中外合作经营企业法实施细则〉若干条款的说明》，其他方式是指允许外国合作者提取合作企业固定资产折旧费。外国合作者提取合作企业固定资产折旧费而使该企业资产减少的，外国合作者必须提供由中国境内的银行或金融机构(含中国境外的银行或金融机构在中国境内设立的分行或分支机构)出具的相应金额的担保函，保证合作企业的偿债能力。上述规定存在以下缺陷：(1)如果中外合作企业是有限责任公司，就不能要求合营方承担认缴的出资额以外的责任。有限责任的基本内涵就是股东以其认缴的出资额对公司的债务承担责任。尤其是《中外合作经营企业法》规定外国合作者提前收回投资，中方合作者也要因此和外国合作者一样承担债务责任，不尽合理;(2)以提取折旧的方法提前收回投资违反《企业财务准则》和《企业财务制度》，固定资产折旧是固定资产的价值转移形式，它首先转移到产品成本或经营成本中，然后通过销售收入或营业收入而获得补偿，以保证企业的资本维持，提走固定资产折旧会违反资本维持原则;(3)银行和金融机构为用提取折旧的方法提前收回投资出具保函不可行，因为银行和金融机构出具保函需要有反担保，如果由中外合作企业出具反担保，上述担保就没有意义，而且出具保函时，保函的受益人还没有产生;(4)境外合作方提前收回投资以中方合作方取得合作企业清算时的剩余资产为前提貌似公平，实则对中方合作者不利。虽然合作合同约定剩余资产归中方合作者，但如果届时合作企业清算债务后没有剩余资产，这个约定就不能给中方合作者带来利益;即使清算时合作企业有剩余资产，但这些资产通常都是机器设备，这些机器设备使用多年后的残值很低，甚至是应当淘汰的机器设备，同样不能给中方合作者带来利益。
