根据国务院和财政部有关排污费资金使用管理政策规定，各级环境保护部门征收的排污费(包括超标排污费、污水排污费和提高征收标准、加倍收费、滞纳金、补偿性罚款)一律实行收支两条线管理。排污费资金收入按月或按季全部解缴各级国库，纳入预算内，作为环境保护补助资金，按专项资金管理，不参与体制分成。环境保护补助资金由环境保护部门会同财政部门统筹安排使用。其中，超标排污费、污水排污费的80％部分，以拨款或有偿贷款的方式，用于补助重点排污单位治理污染源；超标排污费、污水排污费的20％部分和提高征收标准、加倍收费、滞纳金、补偿性罚款部分，用于补助环境污染的综合性治理措施和环境保护部门自身建设。排污费资金要坚持专款专用，先收后用，量入为出，不能超支、挪用。如有结余，可以结转下年使用，排污费资金不得用于城市建设、环境卫生、绿化等项目，不得挪作与环境保护无关的其他用途。
上述排污费资金使用范围中的“环境污染的综合性治理措施”，系指地区综合性污染防治项目和为开展环境污染综合性防治而进行的专题调研、科研以及环境污染治理示范工程。城市的污水处理、供水、排水、供热、煤气、道路、环卫、绿化等项目，属于城市基础设施建设的范畴，国家对此类项目已规定有明确的资金渠道(例如城市维护建设税、各种市政设施配套费等等)。因此，国务院和财政部均明确规定，排污费作为环境保护专项补助资金，不得用于上述城市基础设施建设。
