不少房地产企业遇到这样的问题，开发项目清算后剩余的房产再转让是单独计算土地增值税，还是与以前清算的收入合并重新计算。例如，原清算项目增值率20%，未全部出售，2010年出售剩余两套住房，收入200万元，对应成本50万元，企业是仅计算这两套住宅的增值率(约300%)，还是并入原清算数据进行二次清算?
根据国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)的规定，并非项目销售完毕才开始清算。符合下列情形的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;2.取得销售(预售)许可证满3年仍未销售完毕的。
已竣工验收的房地产开发项目，已销开发产品收入由“预收账款”结转至“营业收入”，未销开发产品销售之前按照存货处理。若房地产企业捂盘或内部保留部分房源，均可能导致开发项目长期不能清盘。企业不主动清算，主管税务机关会要求其被动清算。但此时房产尚未销售完毕，由于房价的不确定性，未售房产难以按估计售价确定，无法准确确定增值额，所以土地增值税清算仍限于已售部分。
此外，土地增值税扣除项目的确定取决于开发产品单位建筑面积成本。在会计处理上，开发项目所发生的成本费用通过“开发成本”科目进行归集，开发项目完工后，“开发成本”科目归集的累计发生额即为项目发生的总成本并结转至“开发产品”科目，“开发产品”科目借方累计发生额即为完工项目总成本，其中既包含已售房产对应成本，又包含未售房产对应成本。国家税务总局《关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发〔2009〕31号)第十四条规定，已销开发产品的计税成本，按当期已实现销售的可售面积和可售面积单位工程成本确认。可售面积单位工程成本和已销开发产品的计税成本按下列公式计算确定：可售面积单位工程成本=成本对象总成本÷成本对象总可售面积;已销开发产品的计税成本=已实现销售的可售面积×可售面积单位工程成本。
已销开发产品成本的会计处理为：借记“营业成本”，贷记“开发产品”。未销开发产品成本即为“开发产品”科目已销成本结转后的余额。之后若再次销售，仍然按照销售面积×可售面积单位工程成本计算，由“开发产品”科目结转至“营业成本”。
