特许经营有很多法律问题，对此加以探讨是很有必要的。
特许经营法律关系―――特许者和被特许者虽同属一个特许体系，但在产权上并没有从属关系。作为分别独立的经济实体，特许者和被特许者对外分别独立享有权利和承担义务。从法律关系的角度看，特许经营法律关系是一种平等主体间的民事法律关系，特许者和被特许者的权利与义务由特许合同约定。特许合同是特许经营体系赖以存在和发展的基础和关键，它关系到特许经营双方的切身利益，同时它也是解决特许经营有关纠纷的根本依据。
特许经营的所有权―――特许经营的所有权是分散的，但对外要形成同一资本经营的一致形象。特许经营是特许总部将自己开发的产品、服务、商标和经营模式等许可给加盟店去经营，加盟店需支付相应的使用费，因此，总店与加盟店不是同一资本。一般来说，特许连锁系统里，加盟店对自己的店铺拥有所有权，而经营权则高度集中于加盟总部。加盟总部要对加盟者提供特许权许可和相关经营指导，而加盟者要为此支付加盟费。
特许经营合同―――特许经营的加盟店与加盟总部之间的关系是以签订特许合同为基础的。通过合同，总店允许加盟店使用自己的全套软件，并要求加盟店不折不扣地按自己的模式去经营，并对加盟店有监督、指导权利，同时也负有培训加盟者、向加盟者提供合同规定的帮助和服务的义务。
特许合同是一个相当重要的文件，因为特许关系本身是一种契约关系。合同对于特许者和被特许者都是至关重要的。按照特许经营合同主体的不同，可将特许经营合同分为单体特许经营合同和复合特许经营合同。其中单体特许经营合同是最有典型意义的特许经营合同，包含了特许经营合同的主要要素；合同一方是特许权的所有者，另一方是特许权的直接使用者，合同是特许权所有者与使用者之间直接的权利义务关系；合同关系相对简单。单体特许经营合同是特许权所有者直接发展加盟商的一种特许经营方式，其优点在于特许者容易实现对加盟者的控制，对被特许者管理和控制能力较高，业务发展的利润没有分流，但其缺点是发展速度较慢，不利于加盟体系的迅速扩张。
复合特许经营合同又分为区域特许经营合同和特许经营权代理合同两种形式。区域特许经营合同的合同主体一方是特许权的所有者，另一方不一定直接使用特许权，而作为区域加盟商以自己的名义发展加盟商。区域特许经营合同适用于跨地域发展和分区域开发特许业务。其优点是发展速度快、部分管理工作由区域加盟商完成，特许者能减少许多管理和控制任务；但缺点是不易保证特许体系的完整与统一，对区域加盟商的依赖过强，且存在利润分流现象。特许经营权代理合同的合同主体一方是特许权的所有者，另一方在特定地域代理销售特许权，以特许权所有者的名义发展加盟商。特许经营权代理合同适用于特许经营的跨国发展，其优点是可以发挥当地人的作用，快速实现本土化的要求；缺点是不易控制，且存在利润分流。
通常特许经营合同许可的内容大致包括许可使用的商标、商号、专利、专有技术和经营诀窍等等。合同应明确规定它们的名称、登记号及其它登记注册情况如有效期、许可使用的内容、方式和地区等事项。签订合同时，被特许者应该审核有关权属证书的原件。
限制竞争和竞争行业禁止―――特许经营最大的弱点就是容易制造出竞争者，为了防止被特许者学到企业的经营诀窍和技术机密后独立开展特许经营业务，特许者往往在特许经营合同中规定限制竞争条款。如特许经营合同中可以规定：“被特许者承诺：在本合同有效期以及合同有效期届满后十年内，被特许者不得从事与甲方（特许者）业务有竞争性的经营活动。”
特许经营与知识产权保护―――特许经营的核心是特许权的转让。特许权的转让方是加盟总部，接受方是加盟店。总部转让的特许权一般包括商标、专利、商业秘密、技术秘密、经营诀窍等无形资产，如果总部没有形成这些无形资产，就不会出现特许经营模式。这些无形资产都属于知识产权范畴，所以，特许经营的核心实际上是知识产权的转让。
无形的知识产权有时能起到比有形的财产权更为重要的作用，这与知识产权的权利特性有关。知识产权提供给权利人的是一种对事物的排他性权利，即任何人未经权利人许可不得从事某种特定的行为。知识产权的这种排他性权利为权利人圈划出一块独占的领地。在商业活动中这种独占的领地就是一块特定的市场。有一块排他的市场存在，企业的恢复和发展就有了保障。知识产权对企业的重要性即通过市场对企业的重要性而彰现出来。对于完全依赖市场而存在的特许经营企业（尤其是纯特许经营企业）而言，知识产权就更是其生命线了。特许经营涉及知识产权的方方面面，包括专利、商标、企业名称、域名、商业秘密、计算机软件保护等各方面问题。在种种知识产权问题中，与特许经营关系最密切最主要的还是商标、与商标有关的企业名称、域名及商业秘密，电信企业对此要加以研究。
