污水处理厂收取的污水处理费，主要有两种类型，一种是各级政府及主管部门委托自来水厂（公司）随水费收取的污水处理费，另一种是一些企业和个人集中处理生产或生活污水而交纳的污水处理费，对这部分污水处理费，国家将从财政上给予补贴。对污水处理企业而言，国家在增值税和企业所得税方面有税收优惠。
增值税方面，国家税务总局《关于污水处理费不征收营业税的批复》（国税函[2004]1366号）明确，单位和个人提供的污水处理劳务不属于营业税应税劳务，其处理污水取得的污水处理费，免征营业税。各级政府及主管部门委托自来水厂（公司）随水费收取的污水处理费，一般由自来水厂（公司）作为代收代付款项，定期支付给当地财政部门用于公益性污水处理建设，如更新当地水管网、处理城市生活污水等。财政部、国家税务总局《关于污水处理费有关增值税政策的通知》（财税字[2001]97号）规定，对各级政府及主管部门委托自来水厂（公司）随水费收取的污水处理费，免征增值税。对于经由当地环保部门审批后建立的污水处理单位，通过一定的设备或工艺流程将污水净化，达到排放或另行使用的标准，其向污水排放单位或个人等服务对象收取的污水处理费，按照国家税务总局《关于从事污水、垃圾处理业务的外商投资企业认定为生产性企业问题的批复》（国税函[2003]388号）规定，可以认定污水处理单位为生产性企业，其集中处理生产和生活污水属于提供委托加工性质的劳务，所收取的污水处理费应当征收增值税。
财政部、国家税务总局《关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》（财税[2008]156号）规定，污水处理劳务免征增值税、再生水免征增值税。再生水是指对污水处理厂出水、工业排水（矿井水）、生活污水、垃圾处理厂渗透（滤）液等水源进行回收，经适当处理后达到一定水质标准，并在一定范围内重复利用的水资源，再生水应当符合水利部《再生水水质标准》的有关规定。可见，对于污水处理和再生水，只要符合规定的标准，无论是内资还是外资企业，均可享受免征增值税的优惠政策。
企业所得税方面，《企业所得税法》规定，从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得可以免征、减征企业所得税。 《企业所得税法实施条例》明确，所称符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年～第3年免征企业所得税，第4年～第6年减半征收企业所得税。《企业所得税法实施条例》还规定，城镇污水处理项目和城镇垃圾处理项目购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免，当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
