目前，我国的电子商务现状、法律环境、金融体制、税收制度与其他国家不同，因而，在电子商务所设计的税收问题上，既有相同之处，也有不同之处。就我国的电子商务而言，除不同程度地存在全面部分所讲的一些问题外还有以下几个典型问题。
1.1常设机构的认定发生困难
常设机构是指一个企业全部或部分营业活动的固定场所。在传统贸易条件下，对营业利润征税一般是以是否设置“常设机构”为标准，而“常设机构”的设定涉及人或物。但通过Internet网络，企业只要通过设在收入来源国的服务器即可进行经营活动。企业可以通过Internet刊登广告、收集订单、发送货物，很多情况下都不再需要在交易所在地设立传统意义上的“常设机构”。电子商务的发展，使得一国对实际来源于该国的收入无从征税，必然造成税收的大量流失，直接威胁一国的财政来源。电子商务使常设机构的概念受到了很大的挑战。
1.2收入来源地的确定变得十分困难
收入来源地是指取得该项收入的经济活动所在地，不同类型的收入，其来源地的确定原则也往往不同。但通过电子商务进行的交易，也可能会牵涉到四个地方：卖方的基地在一处，买方在基地在另一处，服务器在第三处，买方的第四处点击服务器获得货物。这在传统的贸易方式中是很难看到的，但在电子商务交易中十分普遍，究竟如何确认收入来源地变得十分困难。
1.3对收入性质的界定变得困难
对某项收入征税以前，必须对其性质进行界定，以明确其是商品销售收入、劳务收入还是特许权使用费收入，以便选用相应的税种和税率对其征税。通过电子商务进行的交易，却使收入性质的界定变得十分困难，以致难以确定适用的税种及税率。
1.4身份确认变得困难
Internet网址与所有身份没有必然的联黑，不能提供关于所有者身份和位置的信息。同时，电子商务的交易者有很大的流动性，只要移动服务器，便可迁往他处，甚至国外。税务当局很难通过网址、域名进行监管，也不易确认一项收入的归属及纳税人的位置。
1.5传统的商业中介机构作用弱化
电子商务的出现，使买卖双方更趋向于直接交易，导致了传统的商业中介机构的作用削弱，从而使中介机构协助税务机关稽查的功能同时弱化。在传统的贸易方式下，税务机关可以通过银行获取纳税人的各种信息，以加强对其监管。随着“虚拟银行”和“电子货币”的出现，使税务当局失去了重要的信息源，原来税务稽查的重要凭据—企业的银行对账单也无法取得，大大增加了税务机关的稽查难度。由于电子商务使得国内任何一家企业可以选择在一个免税或低税国家设立站点，通过该站点与国外企业进行商务洽谈和交易，而国内仅作为一个存货仓库，电子商务的高流动性无需企业移动工厂或货栈，只要移动几个服务器，就可以达到易地经营的目的。由于目前各国对电子商务征税的政策不同，电子商务在带来全球性政府收入流失的同时，也使国际避税问题变得十分突出。
2税收征管的主要应对措施
2.1建立健全电子商务的税收征管法律法规制度
通过立法确立电子或数字化签名以及电子文档的法律效力，并规范各类电子文档的格式以及操作规定，以便建立起具有法律效力，留有痕迹、全球统一的交易轨迹。建立获得网络域名的新规则，关键是要求网络用户的域名中必须建立方位性域名段，并通过汉字、数字或英文标注，确保网络纳税人身份的空间有序性。通过立法规范企业财务软件，在财务软件中加设新规则，以强化税务机关对企业财务的监控。特别要规范企业账务的修改权限、修改痕迹保留方法和保留年限、税务机关调用企业账务法定接口的设置问题以及相关的法律责任。通过立法明确税务机关对海关、银行以及各类社会中介机构的信息访问权，保证电子商务税收征管的开展获取足够的信息。
2.2建立完善网络税务认证平台系统
将有形的征管空间有效拓展至无形的网络世界，网络税务登记、网络税务申报和税款缴纳以及网络税收宣传等网络税收征管功能才有可能实现。当然，建立一套基于网络税务平台的征管制度是必须的。必须指出的是，建立综合性的网络税务认证中心，是网络税收征管的中心任务，有了这个综合性的认证中心，税务机关可以对纳税人的税务登记证号、发票真实性、是否按期申报、是否偷逃税收等一切涉税情况进行适时的在线核查，从而避免税收征管的盲目性。
2.3启用电子发票制度
电子发票是指纸质发票的电子映像，是一串电子记录。电子发票的启用不仅可以极大地推动电子商务的发展，而且会给整个税收征管带来质的飞跃。纳税人可以在线领购、在线开具、在线传递发票，并可以实现在线申报;税务机关可以对企业的经营情况进行在线适时监控，一改常规税收征管的滞后性、被动性。当然，在线开票系统必须建立在一整套严格规范的规则之上。税务机关对企业申领的电子发票必须加防伪码;企业对于开具完毕的发票只能以“只读”方式打开阅读，而不能以 “读写”方式进行修改;企业填写完发票必须经税务机关备份才能传递给交易方等等。
2.4监控支付手段的技术探讨
为防止诈骗，电子商务交易双方的身份和支付款项都必须经过认证中心和支付平台(或称作支付网关)的全面认证。支付平台保存有全部交易的详细资料，是电子商务与常规交易的不同之处。在法律允许的前提下，税务机关可以从支付平台取得数据，以完成对纳税人的资金稽查。电子商务的货物一般由专业性的快递公司送达，快递公司利用网络进行货物跟踪，随时可以查询出某交易的货物所在地，这为税务机关提供了一种新的稽查货物的手段。
2.5优化征管模式
由结算机构实施代扣代缴流转税。这一征管模式实现的关键，是银行必须准确判断企业往来资金的性质，也可能迫使企业通过离岸支付来规避流转税。因此，这一征管模式到底是否可行仍需深入研究。但它说明了一个问题，那就是税务机关必须与银行、海关等部门建立一定程度的信息共享，银行、税务、海关一体化，建立起社会化、规范化的护税协税体系是未来税收征管的必由之路。
2.6建立反避税机构
电子商务中存在的避税问题做出快速反应，并负责提出应对措施。建立跨地区税务机关或跨国界的税务机关之间的定期或不定期的联系制度;以对付可能出现的日益加剧的跨地区或跨国界的偷逃避税行为。
3结语
电子商务在全球范围内蓬勃兴起。使整个世界更紧密地联结成一个有机的整体，同时也造成了利益和损失在不同国家之间的重新分配，税收权益在各国间的流动，促使各国政府加倍关注电子商务引出的税收问题，越来越多的国家都希望对国际税收制度进行调整和完善，减少双重征税等国际税收冲突的发生。我国应加强国际间的交流与合作，为共筑公平、透明、简洁、便于管理的国际税收新体系发挥自己的作用。
