在集体企业改制过程中，由于改制的集体企业的管理者具有多重身份，加上改制行为规则不健全，一些犯罪容易混淆。其中，区分贪污罪与职务侵占罪，挪用公款罪与挪用资金罪这两个问题较困难。司法实践中，被告人往往依据以下三点理由进行辩护：
一是被改制的集体企业已经吊销，企业法人不存在，被改制的集体企业的管理者失去了经营管理集体企业的权利;二是被改制的集体企业的资产归自身所有;三是被改制的集体企业的开办单位在改制方案中授予其一定权利。被告人往往认为其不构成犯罪，即使构成犯罪也只是轻罪，即只能构成职务侵占罪或者挪用资金罪，而不可能构成贪污罪或者挪用公款罪。
首先必须明确企业营业执照被吊销的含义。吊销企业营业执照的目的在于停止企业的营业，不允许其继续新的经营活动，而不是禁止企业进行清算活动，而要进行清算，企业的法人资格就是必要的主体条件。因此，吊销企业营业执照的后果应是取消企业的营业资格，而不应同时将其法人资格一并取消，法人资格的取消必须以公司(企业)清算完结并办理注销登记为条件。被改制的集体企业被吊销营业执照后，其目的就是为了对该企业进行清算，为改制方案的出台提供依据。
在这一过程中，被改制的集体企业的管理者具有管理、清算、保管好被改制的集体企业资产的权利。如果被改制的集体企业的管理者是国家工作人员或国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，就可能构成贪污罪或者挪用公款罪的主体;如果该管理者是公司、企业或者其他单位的人员，就可能构成职务侵占罪或者挪用资金罪的主体。
其次，必须理解资产评估与审计报告的法律性质。资产评估与审计报告出台后，不仅一切纳入评估与审计的资产属于被改制的集体企业的资产，而且一切没有纳入评估与审计的资产也属于被改制的集体企业的资产。两者区别仅在于，纳入评估与审计的资产是改制方案中经被改制的集体企业的职代会讨论通过并经被改制的集体企业的开办单位批准的资产，而未纳入评估与审计的资产仅仅是少数人知道，没有经过职代会讨论，也没有经过开办单位批准的资产。
第三，必须理解改制方案的法律意义。改制方案讨论批准通过后，被改制的集体企业资产的性质由集体所有变为民营企业所有，即被改制的集体企业的一切纳入评估与审计的资产，其性质均变为民营企业所有;而没有纳入评估与审计的资产，其性质仍然属于原集体企业所有。此时由于被改制的集体企业被注销，该笔资产应属于被改制的集体企业的开办单位所有，其性质仍属于集体所有。如果在资产评估与审计报告出台后至改制方案讨论批准通过前，被改制的集体企业的管理者公布了一切没有纳入评估与审计的资产，那么必然会修改改制方案，加大新设立公司(企业)的收购价格，在修改后的改制方案讨论批准通过后，该笔资产的性质也会由集体所有变为民营企业所有。如果在资产评估与审计报告出台后至改制方案讨论批准通过前，被改制的集体企业的管理者隐瞒这一时期该集体企业的应收账款，那么改制方案讨论批准通过后，该笔资产的性质应属于集体所有。
第四，必须明确理解被改制的集体企业的资产收购主体。集体企业改制的本质就是集体企业资产所有权的转移，转移的收购主体不是新设立公司(企业)的股东，而是新设立的公司(企业)。新设立公司(企业)的主要发起人只是所有投资者的委托代理人，其权利必须经过投资者授权，否则其行为仅仅代表自己私人的行为。
第五，必须理解集体企业管理者的权利性质。与国有企业管理者相比，集体企业管理者的权利相对比较小，处理集体企业中的重大资产必须经集体企业职代会讨论通过，集体企业的管理者和开办单位不能任意处置。集体企业的管理者和开办单位必须依据集体所有制企业法的相关规定依法进行管理。
