行政处罚的种类是海关行政处罚的外在和具体形式。我国《行政处罚法》规定的法定处罚种类有6种：“警告、罚款、没收违法所得、没收非法财产、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证件、暂扣或者吊销执照，行政拘留”;同时，允许法律和行政法规创设新的处罚种类。
根据《海关法》、《海关行政处罚实施条例》和其他有关法律、行政法规等的规定，海关行政处罚有以下几种：
一、警告
海关警告，是海关向海关行政违法的当事人提出谴责和告诫，使其认识到自身行为的违法性，以后不再重犯的处罚。警告属于申诫罚，是国家对当事人的违法行为正式作出的一种否定性评价。警告的影响主要是给当事人形成一定的心里压力，造成名誉的损失，面对不利的社会舆论环境。
警告是所有行政处罚种类种最轻的一种，适用于那些违法行为较轻、危害程度不大的违法行为。在许多违法行为责任的阶梯性设定中，警告是作为最低的一个处罚阶梯。警告既可以单独适用，也可以与其他行政处罚种类相配合适用。
警告属于一种无裁量幅度的处罚种类。
二、罚款
海关罚款是指海关强迫违法的当事人缴纳一定的金额，通过使其在经济上受到损失，警示其今后不再发生违法行为。
罚款是海关行政处罚适用中比较普遍，适用频率较高的处罚种类。这也是和海关行政违法行为多涉及经济利益有关，例如，走私一般都是一种牟利行为，剥夺当事人一定的财产权利，正是击中其要害的一种处罚手段，以警士其今后不犯。
罚款属于一种带有自由裁量的处罚种类。法律、行政法规在设定或规定处罚的同时，一般作出了处罚幅度的规定。对处罚幅度的规定有两种方式：(1)直接规定具体限额范围，例如《海关行政处罚实施条例》第九条第一款第(一)项规定：“走私国家禁止进出口的货物的，没收走私货物及违法所得，可以并出100万元以下罚款。”此处，就直接设定了100万元的最高处罚限额。(二)与违法行为的危害相关联，例如《海关行政处罚实施条例》第九条第一款第(三)项的规定：“偷逃应纳税款但未逃避许可证件管理，走私依法应当缴纳税款的货物、物品的，没收走私货物、物品及违法所得，可以并处偷逃应纳税款3倍以下罚款。”这里罚款的数额与走私分子偷逃的税款相关联，一般偷逃税款越多处罚越重。这种处罚设定较好地体现了“过罚相当”原则。
另外，从罚款处罚本身来讲，它往往也是可以选择的。从海关目前的罚款条款规定来看，一般是作“可以并处……罚款”的规定。所以，罚款经常和其他处罚种类配合使用，海关可以根据具体案情，作出处罚决定或者不处罚决定。
三、没收
没收处罚是海关依法将违法当事人的非法进出境的货物、物品以及违法行为人的违法所得收归公有的处罚。没收包括两部分：一是没收走私货物等非法财产;二是没收违法所得。
没收属于一种无自由裁量的处罚种类。凡是查证的非法财产和违法所得应当全部没收。确实无法实现没收的，也要追缴相当于没收财产的等价价款。
海关应予没收的非法财产主要有：走私货物、物品、运输工具，进出境环节查获的侵犯知识产权的货物、物品;当事人非法持有的“红油”、“三无船舶”、“无进口证明的汽车”等。
“违法所得”是指违法行为人实施走私行为、违规行为，以及其他应由海关予以行政处罚的行为所获得的违法收益。它属于违法行为的不当得利。违法者不应当通过违法行为获利，这既是人们的普遍价值观念，也是法律的一种原则。所以，海关对任何违法行为只要有违法所得的，都应当没收。
没收和罚款都属于财产罚的种类，有时他们的客观表现形式是相同的。例如，当海关没收违法当事人的违法所得时，在执行中可能和罚款的执行并无区别，都是要求当事人交付一定的货币。但它们在法律上存在两点本质的区别：(1)罚款处罚的对象事人：而没收更针对非法货物和非法财产本身。也就是说，罚款肯定是非法当事人的财产，而没收就不一定。例如，没收走私货物，在很多案件中，走私分子走私他人的财产，这些财产便作为走私货物被没收，而不论此前是否为走私分子所有;再如，没收多次走私的运输工具，有的走私分子多次利用他人的船只进行走私，那么海关有人不论船只的所有人是否为走私分子而对船只予以没收。(2)罚款一般需要由违法分子在其合法财产中进行支付，使剥夺当事人对合法财产的所有权;而没收的财产带有“非法”性质，所以，一般认为剥夺的是当事人对非法财产的占有。
四、暂停给当事人某项权利
暂停给当事人某项权利，是指企业或者自然人经海关允许从事有关业务后，由于实施了行政违法行为，而由海关作出在一定期限内剥夺其从业或者执业权利的处罚。根据《海关法》和《海关行政处罚实施条例》，海关可以暂停报关企业的报关业务，暂停报关人员的报告执业和暂停经海关准予从事海关监管货物的运输、存储、加工、装配、寄售、展示等业务的企业从事有关业务。暂停期限一般是6个月以下。
暂时停止给当事人某项权利，是在保留当事人从业或执业资格前提下，暂时停止其一段时间的从业或执业，使其蒙受一定的经济损失，促使其进行整改或者反省，以达到惩罚目的。这种处罚属于行为罚的一种，处罚力度往往要大于罚款和没收等财产罚，当事人所承受的经济损失往往更为严重。因为罚款和没收使违法当事人损失的财产价值是一定的，违法当事人可以通过以后的生产、经营来继续积累;而行为法中的责令停产停业使违法当事人在一定时期丧失经营、从业的权利，其业务开展将受到极大的冲击。
