生物多样性保护面临严重挑战。我国是世界上生物多样性最为丰富的国家之一，拥有多种古老、孑遗物种和特有物种。是世界上相对保存完整的古老区系之一。但随着人口增加，经济快速发展，城镇化、工业化扩张，物种栖息地受到侵占和威胁。生物资源过度利用和无序开发对生物多样性的破坏和影响加剧，外来入侵物种和转基因生物的环境释放增加了生物安全的压力。据统计，我国野生高等植物濒危比例达15％～20％，有233种脊椎动物面临灭绝，约44％的野生动物数量呈下降趋势。一些地方传统和稀有品种资源丧失。生物多样性保护法律和政策体系尚不完善，生物多样性监测和预警体系尚未建立，管护水平和基础科研能力较弱，全社会生物多样性保护意识尚需进一步提高。
重要生态系统退化趋势未得到逆转。我国生态系统丰富多样，具有全球生态系统的几乎全部类型。但是受社会经济活动所带来的负面影响，各种自然生态系统都受到了不同程度的破坏，不仅表现在面积、数量的减少，更为严重的是其结构与功能的降低或丧失。我国90％的天然草原出现不同程度的退化，现有草地的产草量比20世纪50年代下降了30％~50％。尽管森林总面积近年来持续增加，但成熟林和近成熟林面积小，森林整体质量依然低下。诸多天然湿地大面积萎缩甚至消亡。部分沿海滩涂、湿地遭受生态破坏，海域污染加重近岸海域生态恶化，重要渔业水域生产能力衰退。
土地退化严重。据全国第二次土壤侵蚀调查，我国是土地退化最为严重的国家之一，主要表现在水土流失面积广、流失强度大；土地荒漠化面积大、危害严重；土壤盐碱化面积大、土壤肥力下降等。土地退化已经成为制约我国经济社会发展和人民生活水平提高的主要因素之一。我国37％的国土遭受水土流失之害，年均土壤侵蚀量达45亿多吨，是全球年侵蚀总量的1/5。我国荒漠化土地总面积为262.2万平方公里，占国土总面积的27.3％，4亿人口受到荒漠化的威胁，全国每年因荒漠化造成的直接经济损失高达540亿元。
