(1)法律属性不同：
反垄断法属于公法范畴，主要是一种经济行政法，而反不正当竞争法属于私法范畴，主要是一种知识产权法。
(2)调整相关法律关系的目的不同：
反垄断法调整的目的在于禁止限制竞争行为，创造进行合法竞争的良好市场环境，维护合法竞争的自由性，鼓励经营者积极参予市场竞争，保证经营者自愿参预市场竞争的机会和条件，是实现合法竞争的前提和保证。
反不正当竞争法调整的目的在于禁止不正当竞争行为，规范合法竞争的市场秩序，维护合法竞争的公平性，鼓励经营者积极参予市场的公平竞争，保护经营者在合法竞争中的平等地位，是进行合法竞争的具体要求和规范。
(3)调整相关法律关系的内容不同：
反垄断法调整的内容主要是控制市场的构成，防止过度的经济集中和少数大企业操纵、控制市场、滥用经济(或市场)优势，其重点主要是针对已在市场上占有一定优势地位的大企业，有时也会涉及到部分中小企业。
反不正当竞争法调整的内容主要是规范各个经营者的市场行为，防止少数经营者采取投机取巧的手段、违背商业道德去谋求竞争优势和商业利益，破坏正常的市场秩序，其重点主要是针对在市场上不占优势地位的中小企业，有时也会涉及到在市场上占有一定优势的大企业。
(4)调整相关法律关系的手段不同：
反垄断法的调整手段主要是行政行为，是由国家或国家授予公权的机构，作为法律关系主体的一方，通过行政命令、发布禁令、许可、行政罚款或者损害赔偿等方式，对市场经营者进行干预和管理，有时也可采用司法的方式。
反正当竞争法的调整手段主要是民事行为，通过协商、调解、仲裁、司法诉讼等方式解决，也可以通过由国家授权的有关行政执法部门进行行政执法解决。
(5)国家在调整相关法律关系中所处的地位不同：
在反垄断法的调整过程中，国家是以公权所有者的身份出现，行使公权(包括行政权、立法权和司法权)，严禁国家以公权所有者和国有财产所有者的双重身份参预市场竞争，在这里，国家处于主导地位，经营者处于服从地位。
在反不正当竞争法调整过程中，除了有关行政执法部门进行行政执法以外，国家只能以国有财产所有者的身份，以一个与其他市场参预者处于平等法律地位的普通经营者的身份，去参预市场竞争，在这里，国家与其他经营者的法律地位是平等的。
(6)与知识产权的关系不同：
反垄断法一般不直接涉及知识产权问题，它承认知识产权是一种合法的法定垄断，但并不排除滥用知识产权可以构成一种限制竞争行为，应该加以禁止。此外，有一部分限制竞争行为可以作为广义的不正当竞争行为，受到反不正当竞争法或其他知识产权法的制约。
反不正当竞争法本身属于一种知识产权法，不正当竞争行为直接侵害他人的知识产权，反不正当竞争权本身就是一种知识产权。反不正当竞争法在知识产权法律制度中，既是专利法、商标法和版权法等主要法的“兜底法”，也是大多数国家保护商号、商誉、商品名称、商品装璜、产地标志，原产地名称等知识产权的专门法。同时，反不正当竞争法又被视为是规范市场秩序的行政法，特别是包括有调整部分竞争行为(广义性不正当竞争行为)的反不正当竞争法。
