一、有限责任公司股东转让股权，是否要在办理批准、登记等手续后才能生效
根据我国合同法第四十四条和最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释(一)》第四条的明确规定，只有“法律、行政法规”才有权规定合同应当在办理批准、登记等手续后生效。目前，除国有独资公司的股权转让，因涉及国有资产管理问题须履行特别批准手续外，对有限责任公司股东转让股权，我国现行立法规定要办理批准手续后才能生效的，仅限于外商投资的有限责任公司。
在我国立法中，尚未有有限责任公司股东转让股权，要在办理工商变更登记(或其他登记)手续后才能生效的规定。合同法规定合同应在办理登记手续后生效，主要是指对抵押、质押、对外担保等担保合同的登记手续，尚未涉及股权的转让问题。
从行为的法律性质上讲，股权转让是在当事人之间依双方约定的合同发生的民事法律行为，一般而言，除有特别约定，以当事人之间的行为为约束范围。办理抵押、质押、对外担保等担保合同的登记手续，虽一般属行政管理行为，但涉及到对外公示、第三人权益的保护和外汇管理等重要问题，所以立法规定，某些情况下必须办理登记手续后合同才能生效。办理由股权转让引起的工商变更登记手续，应属于一种一般性的行政管理行为，仅是对当事人已经发生的股权转让事实加以确认，通常与股权转让的效力无关。依股权变更之事实作股东名册变更登记手续，虽为公司之法定义务，但其性质主要为公司内部的管理行为，与股权转让是否在当事人之间生效没有必然关系。而立法关于某些情况下股权转让要在办理行政批准手续后才能生效的规定，则更侧重于国家对重要经济活动行使的行政监督权力。不同性质的行为，对股权转让是否生效的影响不同。
合同是当事人间的合意行为，非出于必要，法律、行政机关不应加以干涉。所以，凡是法律、行政法规没有明文规定，以办理批准、登记等手续为合同生效条件的，当事人是否办理可能涉及的批准、登记等手续，不影响合同的效力，也不影响股权转让的效力。
那么，当事人可否在合同中约定股权的转让，要在办理工商和(或)股东名册变更登记手续后才能生效呢?合同法第四十五条规定：“当事人对合同的效力可以约定附条件。”所以，如果当事人在合同中约定，以办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续为股东股权转让的生效条件，那么，原来对股权转让是否生效并无影响之因素，便依当事人的特别约定，成为股权转让生效的必要条件。未办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续之前，股权的转让便不发生法律效力。未满足此种约定条件，受让方即使已经交付了定金、预付款甚至全部转让款，也可以要求返还，而不必去接受那在权利上可能存在瑕疵的、尚未发生转让效力的股权。
在此还须注意的是，股权转让协议的生效与股权转让的生效也是有区别的。股权转让协议无效或不生效，股权的转让肯定也是不生效的。但是，即便在股权转让协议生效后，股权的转让也可能是不生效的。因为，在股权转让协议生效后，尚需当事人的履行行为，转让股权才能实现，而且当事人在股权转让协议中还可以约定股权转让生效的特别条件。股权转让协议依照法律和约定生效之后，股权转让生效的约定条件不一定同时也得到实现，两者生效的条件是不一样的。
如果对这两者不加区别，当事人关于股权转让在办理工商变更登记手续后生效的约定，在执行上可能存在逻辑上的矛盾。工商登记，是通过对企业已经发生的事实的合法性、真实性加以审查、确认，向社会公众公示的一种行政管理手段。办理有限责任公司股东转让股权的工商变更登记手续，其前提是股权转让协议已经发生法律效力，要通过工商变更登记对这个事实加以确认，并公布于众。如果当事人约定，股权转让协议(而不是股权转让)在办理工商变更登记手续后才能生效，那么，办理股权变更工商登记的事实依据便不足了。
二、有限责任公司股东转让股权，未办理工商和(或)股东名册变更登记手续，对当事人的权益有何影响
由于实践中情况复杂，可能出现当事人签署了股权转让协议，甚至已经完全履行了合同义务，但股东出资的转让却未记载于股东名册，未办理或未能办理工商变更登记手续，使受让方的权利受到影响，进而引发争议的情况。下面对此作一分析。
在实践中，一些公司根本未设置股东名册，股东转让出资的情况自然也就不可能记载于股东名册之上。有的公司虽然设置有公司股东名册，但是未依照股东的要求，将股东出资的转让记载于股东名册。也有的股东在转让出资后，未要求或提示公司对股东名册进行变更登记。这时，股权的转让是否发生法律效力?对当事人的权益又有何影响呢?如前所述，在无特别约定的情况下，无论公司是否设置有股东名册，股东转让出资未在股东名册上进行登记的，不影响股权转让的法律效力。公司法第三十六条也明确规定，将出资转让情况“记载于股东名册”，是在“股东依法转让其出资后”，即股权转让已经发生法律效力之后。不过，虽然这时出资的转让在股东之间有效，但其股权转让是否具有对抗公司及第三人之效力，便须具体分析了。
在因股东之过错，使公司误以为出资转让未进行或尚未完成，而未对股东名册进行变更登记时，公司依照原有股东名册进行的会议通知、利润分配等活动是有效的，由此给受让股东造成的损失，由转让双方根据过错情况协商解决，此间风险自行承担。
在因公司之过错，而未在股东转让出资后对股东名册进行变更登记的情况下，无论股东名册是否进行了变更登记，公司均应依照出资已经转让后的新情况，进行会议通知、利润分配等活动。同时，公司应依法对股东名册进行相应变更。否则，公司应承担因此给受让股东造成的损失。因为股东名册虽为证明股东身份之法定文件，公司应依据股东名册进行相关活动，但这仅是在无相反证据的情况下适用的原则，现公司已经明知股东情况依法发生变化，仍不改正，自然应承担侵权行为之后果。至于对公司不依法设置股东名册的行为，更应由责任者承担因此而产生的一切法律后果。
无论何种原因造成股东转让出资后，未对公司股东名册进行变更登记，在依法对股东名册进行变更登记之前，股权的转让均不具有对抗善意第三人之效力。如善意第三人因此受到经济损失，有权向过错方追索赔偿。
