诉讼时效制度的目的在于鼓励当事人积极主张权利，惩怠于行使权利的权利人，在这一点上，行政、民事诉讼时效制度是一致的。因行政诉讼时效制度不完整，就必然会影响当事人权利的行使。又因行政诉讼时效很短，仅有三个月，在行政诉讼时效制度不完整的情况下，造成了积极主张权利的人而无法主张行政权利的情形，这种情形显然是与行政诉讼时效制度背道而驰的。因此，研究现行行政诉讼时效制度存在的问题，对完善和改进行政诉讼时效制度，不仅具有重要意义，而且是迫在眉睫，已成当务之急。
民事诉讼时效制度在《民法通则》里设有专章即第七章，共有7条详细规定了一般、特别、最长等完整的诉讼时效制度。而《行政诉讼法》仅在第六章“起诉和受理”部分用2条即第38、39条规定了一般诉讼时效。加之最高人民法院关于行政诉讼法司法解释第41条、42条的规定，也不过4条。如果再把这4规定对照研究，更突显其不合理、不科学之处。
第41条规定：“行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。”
从其表述的主语或适用的对象、范围来看，应是针对行政行为相对人的，因为在该条前半部分称：“行政机关做出具体行政行为时，未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限的”。行政机关的具体行政行为是针对相对人做的，所以，其告知不告知诉权或起诉期限也是针对的相对人。换言之，行政机关针对行政行为相对人做出具体行政行为，是不可能告诉其他人诉权或起诉期限的，这里的“其他人”也包括与行政机关所做具体行政行为有利害关系的人，因为行政机关无此义务。
既然“行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限” 这种种情况仅指行政行为相对人，该条后半部分关于此种情形下的诉讼时效起算时间的规定以及“最长”2年的规定，就只能适用于行政行为相对人，不适用于行政诉讼的另一类原告即利害关系人。换言之，第41条司法解释是关于行政行为相对人的行政诉讼时效的规定。
第42条规定：“公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该具体行政行为内容之日起计算。对涉及不动产的具体行政行为从作出之日起超过20年、其他具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。”
