目前上市公司收购一般采取的协议收购方式，存在着许多弊端和不足，其严重性正日益显露出来。主要表现在：
1.上市公司股份协议收购中行政色彩浓厚，许多地方政府为了保住局部利益，违背市场规律，导致很多上市公司协议收购案的形成都是“拉郎配”的结果。这样，既没有使得包袱企业能够脱胎换骨，反而拖累了优势企业。
2.非等价交易现象严重存在，一时间欺诈性重组行为比比皆是。
3.由于收购协议通常是收购方和目标企业的管理层私下形成的，缺乏外部监督，透明度很差，所以其中的自我交易和利益转移行很容易侵害中小股东和债权人的合法权益。
4.某些庄家或主力机构利用上市公司的重组题材，进行内幕交易和“黑箱作业”，借机疯狂炒作，造成股价大幅波动，不利于切实维护广大投资者的合法权益，难以维持一个公平、透明的市场运行秩序。
5.信息披露制度建设显得较为滞后。上市公司有关资产重组的信息披露不够充分，运作的透明度不高，导致上市公司信息披露的真实性、准确性和完整性难以保障，这容易引发上市公司和投资者之间因信息的不完全和不对称而产生“逆向选择”和 “道德风险”等机会主义行为。
6.对劣质资产的剥离往往使债权失去应有的保障。
7.上市公司为了达到配股资格线或保住“壳资源”而进行的报表性资产重组现象较为普遍。
8.目前上市公司资产重组中有些只是为了粉饰财务状况而进行了报表性重组，并没有进行实质性的资产重组。
